Vysoká letecká akadémia gen. M. R. Štefánika vznikla reorganizáciou a premenovaním pôvodnej Vysokej vojenskej školy letectva gen. M. R. Štefánika na základe Zákona NR SR č. 324/1996 Z. z., čím nadviazala na dlhoročné tradície a skúsenosti predchádzajúcich škôl a učilíšť vojenského letectva. Škola fungovala v Košiciach až do roku 2004, kedy bola na základe Zákona č. 455/2004 Z.z. zlúčená s Technickou univerzitou Košice.
Bojovú zástavu prepožičal akadémii prezident SR na návrh ministra obrany dňa 9. júla 1997 za výborné výsledky vo vedeckej, výskumnej, odbornej a výchovnej oblasti, vo výcviku vojenských pilotov a pozemného leteckého personálu. K zástave patrí kmeňový list MO SR: 64/8 – 2.
