Vojenská akadémia Liptovský Mikuláš vznikla v roku 1993 ako právny nástupca VVTŠ ČSSP Liptovský Mikuláš a Vojenskej vysokej pedagogickej školy Bratislava Zákonom NR SR č. 185 zo dňa 15.7.1993. Pod týmto názvom fungovala škola až do roku 2004, kedy sa pretransformovala na základe Zákona NR SR č. 455/2004 zo dňa 30.6.2004 na Akadémiu Ozbrojených síl gen. M. R. Štefánika Liptovský Mikuláš, ktorá funguje dodnes.
Bojová zástava bola Vojenskej akadémii v LM prepožičaná na návrh ministra obrany zo dňa 22.12.1997 a dekrétom prezidenta SR Michalom Kováčom dekrétom zo dňa 8.1.1998 za výborné výsledky vo vedeckovýskumnej činnosti a vo výchovno-vzdelávacom procese pri vysokoškolskej príprave vojenských odborníkov. Zástavu slávnostne odovzdal rektorovi VA LM plk. gšt. Doc. Ing. Štefanovi Jagerčíkovi, CSc. minister obrany SR Ján Sitek. K zástave patrí Kmeňový list ev. č. MO SR 64/8-4.
