Bojovú zástavu prepožičal útvaru rozkazom č. 7 zo 6. októbra 2004 prezident republiky Ivan Gašparovič ako symbol cti a statočnosti za zodpovedné plnenie úloh pri získavaní, zhromažďovaní a vyhodnocovaní informácií o aktivitách, ktoré vznikli v zahraničí a smerujú proti suverenite, zvrchovanosti, územnej celistvosti a obranyschopnosti SR.
Zákonom č. 319/2012 Z. z. došlo k zlúčeniu vojenských spravodajských služieb do jednej špeciálnej služby, čím došlo k zániku VSS ako samostatnej organizačnej zložky a bojová zástava bola odovzdaná do VHÚ Bratislava. K zástave patrí aj Kmeňová kniha č. MOSR 64/8-11 a biela stuha Prezidenta SR.
